Die ältesten Urkunden zum Beginn der Merkendorfer Geschichte fehlen. Merkendorf wurde, wie viele andere Siedlungen im Mittelalter, von Kriegen, Plünderungen und Bränden heimgesucht und dabei gingen auch wichtige Akten und Unterlagen zugrunde.
Es lässt sich aus heutiger Sicht kein wirkliches Gründungsdatum für Merkendorf angeben. Die Lokalhistoriker vermuten die Anfänge einer Besiedlung im Bereich der heutigen Stadt Merkendorf im 9. oder 10. Jahrhundert. Die Anfänge werden mit einem slawischen Menschen namens Mirk in Verbindung gebracht. Er nannte seine Wohnstätte Mirkov (Besitz des Mirk). Die Zeit verging und aus der Wohnstätte des Mirk wurde irgendwann Merkendorf.
Die erste urkundliche Erwähnung war dann im Jahr 1249. Das Dorf wird erstmals in einer Urkunde erwähnt und ist bis Mitte des 14. Jahrhunderts fast ganz im Besitz des ehemaligen Zisterzienserklosters Heilsbronn. Dieses verlegt den Sitz der Propstei Altmühl von Dürrnhof nach Merkendorf.
Ein weiterer Markstein in der Geschichte Merkendorfs war das Jahr 1398. Damals gestattete König Wenzel, dass Merkendorf eine Befestigung bekommt und damit waren die Stadtrechte verbunden. Gleichzeitig erhielt die frischgebackene Stadt das Recht, einen Jahrmarkt abhalten zu dürfen.
Im Jahr 1477 wurde dann eine eigene Pfarrei in Merkendorf eingerichtet. Papst Sixtus IV. bewilligte diese. Ein Jahr später wurde dann der Grundstein für eine Stadtkirche gelegt. Eine Generation später, im Jahr 1506, herrschte in Merkendorf Ausnahmezustand. Kaiser Maximilian I. besuchte die Stadt. Zur Erinnerung an diesen außergewöhnlichen Besuch wurde am Rathaus ein Relief und eine Gedenktafel mit den Worten: „Am Montag nach Allerheyligen im Jahre 1506 ward Kayßer Maximilian im Rathaus in Merkendorf bewillkummt“.
Auch der 30-jährige Krieg hinterließ seine Spuren
Wie in vielen anderen Gemeinden der Umgebung hinterließ der 30-jährige Krieg auch in Merkendorf tiefe Spuren. 1640 lebten nur noch acht Familien in der Stadt. Am Ende des Krieges, 1648, trifft es Merkendorf noch einmal richtig heftig. Am 12. Mai des Jahres ist die Stadt von Flüchtlingen und schwedischen Reitern überfüllt und als die Soldaten wieder abziehen bricht Feuer aus. Diesem Brand fällt die gesamte Stadt zum Opfer. Neben der Kirche werden auch das Pfarrhaus und das Rathaus ein Raub der Flammen. Trotz 300 Taler Aufbauhilfe der markgräflichen Regierung kommt der Wiederaufbau nur langsam voran. Zwar richtete man die Stadtkirche notdürftig wieder her und weihte sie 1655. Doch der Chor wurde erst in den Jahren 1709 und 1710 ausgebaut.
Auch am Ende des Zweiten Weltkriegs wurden wieder große Teile der Stadt ein Raub der Flammen. Vom 18. bis 20. April tobten schwere Kämpfe um Merkendorf. Dabei wurden die Stadtkirche und zahlreiche andere Gebäude zerstört. Die Bürger ließen sich aber nicht entmutigen und die Einheimischen begannen tatkräftig mit der Unterstützung vieler Flüchtlinge und Heimatvertriebener die Altstadt wieder aufzubauen, so dass sich Merkendorf heute als „Die historische Krautstadt“ bezeichnet und mit dem Slogan „Freizeit genießen - Kultur erleben im Fränkischen Seenland“ wirbt. Text: Alexander Biernoth